Zahlreiche Funde weisen auf die Besiedlung zur Kelten-, Römer und Alemannenzeit hin. Nach Quiquerez soll beim Kirchenbau im Jahre 1837 ein Tumulus (Grabhügel) geöffnet worden sein, den der Historiker der Bronzezeit zuordnet. Wissenschaftlich erforscht sind Steinkistengräber aus dem 8. Jahrhundert, die 1927 zutage kamen. Das Dorf Wahlen liegt an einer alten römischen Heerstrasse. Vom Welschland her führte diese durch das «Val Terbi» über das Fringeli und den Plattenpass am Blauen an das Rheinknie bei Basel. Der Name des Dorfes wird einerseits mit dem lateinischen Vallum (Wall, Befestigung) in Verbindung gebracht, andererseits mit dem alemannischen «Walch», gleich Welsch. Urkundlich erstmals erwähnt, als zwischen 1166 und 1179 Papst Alexander III. dem Bischof von Basel befiehlt, namentlich aufgeführte Feinde des Klosters St. Alban aus der Kirchengemeinschaft auszuschliessen und in den Kirchen des Herzogtums der Zähringer den Gottesdienst zu untersagen. Dabei werden die Gebrüder von Ramstein genannt, die gewisse Grundstücke in Wahlen (Waltenen) für sich beanspruchen. Das Geschlecht von Wahlen tritt in Erscheinung, als im Jahre 1275 Hans von Wahlen der Abtei von Lieu-Croissant vom Orden «de Citaux» in der Diözese von Besançon alle Güter schenkt. Lehensherr des Dinghofes St. Martin in Laufen, der 1141 in den Besitz des Bischofs von Basel kommt und zu dem das Dorf Wahlen gehört, ist um 1300 der Graf von Pfirt. Durch Erbschaft gelangt die Hälfte des Lehens an das Haus Österreich, während die andere Hälfte - mit dem halben Dorf Wahlen - wieder an das Bistum fällt. 1394 bekennt Thüring von Ramstein, Herr zu Zwingen und Gilgenberg, von Österreich, neben Gütern und Rechten zu Lehen zu tragen «Lewt, gericht vnd korngelt, so gehörent in den dinckhoff zuo Lawffen». Nach dem Aussterben der Ramsteiner fällt das Mannlehen wieder an das Fürstbistum; der Dinghof kann 1462 wieder geeint werden, und das «Oberamt Zwingen», mit den Ämtern Laufen und Zwingen, wird bis zum Einmarsch der Franzosen im Jahre 1792 durch Vögte verwaltet. Ihr Ursprung ist unbekannt, aber in der Aufzählung der zum Dinghof Laufen gehörenden Güter wird auch Schloss und Festung Neuenstein genannt, die auf dem Gemeindegebiet von Wahlen liegen und heute verfallen sind. Im Jahre 1315 erhalten Adelige aus Basel die Burg Neuenstein von der Kirche von Basel zu Lehen. Dieses umfasste 1365 «den Dinghof zu Breitenbach mit Gerichtsbarkeit, Twing und Bann und allen Bewohnern» sowie unter anderem den Zehnten in Liesberg, Brislach und Erschwil. Veltin von Neuenstein wird als Urheber des Schlachtenplans von Murten (1476) im Burgunderkrieg genannt. Im Jahre 1525 tritt auch Wahlen in das Burgrecht mit der Stadt Basel und nimmt den neuen Glauben an, bis Bischof Christoph Blarer von Wartensee 1589 die Gegenreformation durchsetzt. Während des Dreissigjährigen Kriegs (1618-1648) wird auch das Dorf Wahlen schwer in Mitleidenschaft gezogen. Die Bewohner suchen im benachbarten Dorf Grindel in der Eidgenossenschaft Zuflucht. 1792 Einmarsch der Franzosen, Ausrufung der Raurachischen Republik, drei Monate später Frankreich einverleibt und dem Département Mont-Terrible zugeschlagen. 1815 durch Entscheid des Wiener Kongresses eidgenössisch und dem Kanton Bern zugeordnet. In Ausübung des vom Berner Volk erhaltenen Selbstbestimmungsrechts für den jurassischen Landesteil Übertritt in den Kanton Basel-Landschaft per 1. Januar 1994